·1931年，国民政府实业部部长孔祥熙签发训令，筹建中央农业研究所。
·1935年，国民政府批准建立中央农业实验所畜牧兽医系。抗日战争爆发后，科技人员先后辗转迁移于湘、桂、川、黔间。

·1941-1945年，在贵州湄潭建立四省防疫总站，后以中央农业实验所畜牧兽医系为基础，在广西桂林良丰扩大成立中央畜牧实验所。

·1946-1949年，中央畜牧实验所迁回南京，先在中华门小行镇建立新址，并设立东南兽医防治处，后迁回孝陵卫，并入中央畜牧实验所，两块牌子，一套班子。

·1949年5月，华东农林部驻宁办事处接管中央农业实验所、中央畜牧实验所、中央林业实验所。

·1950年3月，中央决定成立华东农业科学研究所，并设立华东农业科学研究所畜牧兽医系。

·1959年，华东农业科学研究所畜牧兽医系改名中国农业科学院江苏分院畜牧兽医系。

·60年代到70年代中期，曾先后几次更改名称，科研人员大批下放，科研工作处于停滞状态。

·1978年以后，在原址扩建为江苏省农业科学院畜牧兽医研究所。

·2001年7月，畜牧兽医研究所分为畜牧研究所和兽医研究所两个独立的研究机构。

·2003年5月-2005年10月，兽医研究所整体进入南京天邦生物科技有限公司。

·2005年11月，兽医研究所恢复为非营利性研究所。下设人兽共患病防控项目组，家畜重大疫病防控项目组，家禽重大疫病防控项目组，兔病与兽医生物技术项目组，生物兽药研制项目组五个研究领域。

·2006年4月，以兽医研究所为科研依托单位，南京天邦生物科技有限公司、江苏省农业科学院联合申报建立国家兽用生物制品工程技术研究中心（简称国药中心），2007年4月获得国家科技部批准，同年9月开始组建，2008年开始独立运行；2010年底通过科技部验收。

·2014年12月，兽医研究所撤销原有内设科研机构，成立人兽共患病防控研究室、草食动物疫病防控研究室、猪病 防控研究室、禽病与生物兽药研究室、疫苗抗原创制研究室、疫苗制造技术研究室、动物疫苗产品研究室、科技服务部。

·2017年3月3日，江苏省农科院以原国药中心团队为班底，筹建动物免疫工程研究所。