工程中心依托江苏省农科院建设，于2007年经科技部立项建设，2010年通过验收并挂牌运行，是兽用生物制品领域第一个国家级工程中心，也是江苏省农口领域第一个国家级工程中心。工程中心成立以来紧紧围绕兽用生物制品重大关键共性技术攻关和高效安全疫苗产品创制，积极开展抗原制备、抗原浓缩纯化、免疫佐剂、抗原稳定四大技术创新和多联多价疫苗、基因工程疫苗产品研发，取得显著成效，形成了技术多点突破、人才群体集聚、产业支撑强劲的发展格局。“十二五”和“十三五”期间，工程中心获国家授权专利102项，PCT专利5项；获国家新兽药注册证书12个，其中一类新兽药注册证书1个，二类新兽药注册证书2个；制定江苏省地方标准16项；发表论文1000余篇，其中SCI论文290余篇；获得部省级以上科技奖6项。自主研发的动物细胞自悬浮技术、抗原规模化高效纯化、疫苗佐剂与免疫增强剂技术、活疫苗耐热技术、猪禽用新型疫苗等成果达到国际先进和国内领先水平，成果辐射至全国28个省、市、自治区，覆盖行业前20强企业，直接技术转移收益2亿余元。2014年，工程中心被中组部、中宣部、人社部和科技部联合授予“全国专业技术人才先进集体”。